Mikroskopy cyfrowe wykorzystują nie tylko optykę, ale również kamery z matrycą CCD, aby wyświetlać cyfrowy obraz próbki na wbudowanym lub zewnętrznym monitorze. Mikroskopy cyfrowe potrafią wyświetlać wyraźny i barwny obraz nawet najmniejszych próbek. Są one wykorzystywane w badaniach laboratoryjnych z różnych dziedzin, w tym medycynie, biologii i chemii.